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通常色譜儀的進樣器的襯管體積約200~900μl當時1μl水樣時,其氣化后的蒸氣體積(大約1010μl)會膨脹溢出襯管,稱為倒灌。其將導致汽化的樣品返入載氣和吹掃氣路,由于載氣的吹掃氣路的溫度較氣化室低許多,樣品會凝結在這兒,在后來的分析中被氣體吹入分析系統形成鬼峰,避免的方法可采用加大襯管體積、減小進樣體積、降低進樣器溫度、提高進樣器壓力增加載氣流速以減少倒灌現象。
水進入色譜柱,水的形態對色譜柱的固定相具有破壞性。因為水的表面能很高,而大部分毛細管柱固定相的表面能都較低,這導致水對固定相的濕潤性很差,不能在色譜柱壁上形成光滑的溶劑膜均勻地流過色譜柱,而形成液滴,導致色譜柱性能變差。由于水的這種很差的潤濕性和相對其他溶劑較高的沸點,通常在較低柱溫的情況下,一部分水以液體狀態流過色譜柱,使在水中具有良好溶解性的溶質也會表現出譜帶展寬,在極端的情況,表現出色譜峰分裂。