2003年，原湖北中醫學院與原湖北藥檢高等專科學校合并，成立新的湖北中醫學院。湖北藥檢高等專科學校成立于 1958年12月，它的前身是成立于1939年的湖北省立護士職業學校，是全國僅有的一所以藥學、醫學檢驗為主干學科的高等專科學校，在藥學及醫學檢驗領域具有一定特色與優勢。2010年3月18日，教育部批準湖北中醫學院更名為湖北中醫藥大學。

院系設置截止至2014年，學校設有基礎醫學部、臨床醫學院、護理學院、針灸骨傷學院、藥學院、醫學檢驗與技術學院、文法系、管理學院、信息工程學院、外語系、體育部、研究生部、海外教育學院、繼續教育學院、臨床技能實訓中心和中醫藥實驗中心等16個教學系（院）部（中心）。

截止至2014年，圖書館現擁有紙質藏書94余萬冊，中外期刊1千余種，電子文獻642件，電子期刊近9000種，有多個網絡數據庫，內部交換資料3500種，40000余冊。截止至2014年，學校主辦的《湖北中醫雜志》、《湖北中醫藥大學學報》、《中西醫結合肝病雜志》、《中國中醫骨傷科學雜志》已在20多個國家和地區公開發行，其中《湖北中醫雜志》　、《中西醫結合肝病雜志》、　《中國中醫骨傷科學雜志》被評為中文核心期刊。