生物肥料（微生物肥料）的功效是一種綜合作用，主要是與營養元素的來源和有效性有關，或與作物吸收營養、水分和抗病（蟲）有關。總體來說，生物肥料（微生物肥料）的作用為以下幾點：
1、增進土壤肥力施用固氮微生物肥料，可以增加土壤中的氮素來源；解磷、解鉀微生物肥料，可以將土壤中難溶的磷、鉀分解出來，轉變為作物能吸收利用的磷、鉀化合物，改善作物的營養條件。
2、制造和協助農作物吸收營養根瘤菌侵染豆科植物根部，固定空氣中的氮素。微生物在繁殖中能產生大量的植物生長js，刺激和調節作物生長，使植株生長健壯，促進對營養元素的吸收。
3、增強植物抗病和抗旱能力微生物肥料由于在作物根部大量生長繁殖，抑制或減少了病原微生物的繁殖機會；抗病原微生物的作用，減輕作物的病害；微生物大量生長，菌絲能增加對水分的吸收，使作物抗旱能力提高。
4、減少化肥的使用量和提高作物品質使用微生物肥料后對于提高農產品品質，如蛋白質、糖分、維生素等的含量上有一定作用，有的可以減少硝酸鹽的積累。在有些情況下，品質的改善比產量提高好處更大。
發展生物肥料的重要意義
1 改善作物品質、提高作物產量
徽生物肥料可將無機元素轉化為有益植物生長的有機化合物，改善土壤氧化還原條件，減低氮素脫氧和氧化過程，從而降低硝酸鹽含量。多項試驗表明，施用生物菌肥，蔬菜硝酸鹽含量減少25.44～4.3mg/L，平均降低19.09%；vc含量平均提高9.96mg/l009；糖分含量平均提高0.66mg/l崛。施生物菌肥的稻米蛋白質比對照組提高0.05%～0.65%。植物根際促生xj(PGPR)是徽生物肥料的生命力所在，其促進植物生長的機制是產生生長素、抑制病原菌、根際固氮和分解難溶性磷鉀元素等。
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