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急性腎盂腎炎一般有典型癥狀和尿液異常發現，診斷不難。如僅有高熱而尿路癥狀不明顯者，應與各種發熱疾病相鑒別。ft、腰痛明顯者要與膽囊炎、闌尾炎、盆腔炎、腎周膿腫等鑒別，一般經多次小便檢查后即能明確診斷。慢性腎盂腎炎的泌尿道癥狀不明顯，尿常規無明顯改變或尿液異常間歇出現，易被誤診。在女性，凡有不明熱、腰酸、乏力、輕度泌尿道癥狀者無應考慮本病的可能性。須反復檢查尿常規及培養及尋找證據，伴高血壓的慢性腎盂腎炎需與高血壓病鑒別。此外，尚需與下列諸病鑒別。
腎結核 泌道生殖道結核常同時伴發，它是最常見的肺外結核，多系血行性感染，急性期有發熱（低熱），盜汗乏力，腰痛，尿頻，尿急，尿痛，血尿等癥狀，約20%病例可無臨床表現，又稱寂靜型尿感，數年后腎實質破壞，結核的肉芽腫，干酪樣變先累及髓質，乳頭區，繼而乳頭壞死，腎盂腎盞變形，皮質變薄，偶可累及腎周圍組織，后期腎功能受損，膀胱攣縮。肺部X線檢查，前列腺，副睪，盆腔結核的檢出有助于此病的診斷。尿液檢查有血尿（鏡下血尿或肉眼血尿），膿尿，陽性皮膚試驗（PPD），尿結核培養，檢出率高達90%以上，而靜脈腎盂造影僅能發現較晚期的病例，近年來多聚酶聯反應（PCR）法檢測尿結核桿菌的脫氧核糖核酸已廣泛應用于診斷中，其特異性，陽性率高達95%。
慢性腎小球腎炎 如有浮腫、大量蛋白尿則鑒別不難。腎盂腎炎的尿蛋白量一般在1～2g/d以下，若大于3g則多屬腎小球病變。但本病與隱匿性腎炎較難鑒別，后者尿常規中有較多紅細胞，而腎盂腎炎則以白細胞為主。此外，尿培養，長期觀察患者有無低熱、尿頻等癥狀亦有助鑒別。晚期腎炎繼發泌尿道感染，鑒別困難，此時可詳細病史，結合臨床特點加以分析。
前列腺為 50歲以上的男性因有前列腺增生，肥大，放置導尿道管、膀胱鏡檢等易得此病。急性前列腺炎除畏寒發熱，血白細胞總數升高外，腰骶和會陰部疼痛，以致從立不安，尿頻、尿痛，尿液檢查有膿細胞，與急性膀胱炎易相混淆。慢性前列腺炎除尿檢異常外臨床癥狀多不明顯。前列腺am得到的前列腺液檢查，白細胞數＞10個/HP，B超前腺有助于鑒別診斷。
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