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生物有機肥通過三種途徑減輕作物病害：一是肥料中的功能性微生物生長繁殖，在作物根際土壤微生態系統內形成優勢種群，抑制其它有害微生物的生長繁殖，甚至對部分有害病原菌產生拮抗作用，減少了有害微生物的危害機會。二是功能性微生物在生長繁殖過程中向作物根際土壤微生態系統內分泌各種代謝產物，這些代謝產物能夠刺激作物生長，提高作物抵抗不良環境的能力。三是生物有機肥營養元素全面，作物植株生長健壯，具有良好的株型和合理的群體，增強作物的抗病性，減少病害的發生。如白菜試驗，施用生物有機肥軟腐病發病率為2%，而蔬菜專用肥和干燥雞糞分別為17%和20%。