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農家肥是指農民自行將畜禽糞便、廄肥或農作物秸稈等堆制而成的有機肥料。二者之間的區別：一是有益微生物差異。生物有機肥含有大量的有益微生物，其活動能夠改善土壤理化性狀，抑制有害微生物的生長，促進作物生長；農家肥微生物含量較少，有益微生物和有害微生物共生。二是肥效差異。生物有機肥發酵時間短，腐熟徹底，養分損失少，肥效相對較快；農家肥露天長時間堆制，養分特別是氮素養分損失較多。三是安全性差異。生物有機肥經過有益微生物的作用，基本消滅了畜禽糞便中原有的對作物有害的蟲卵和病原菌；農家肥自然發酵，不受人為因素的控制，內含對作物生長有害的病蟲。另外，生物有機肥經過發酵，充分腐熟后施入土壤，不會造成作物燒根燒苗，而農家肥腐熟不徹底，用量稍大，就會出現燒根燒苗，導致減產