吸附在芽孢桿菌表面的Cd離子能夠與可溶性或不可溶性的生物多聚物發生螯合作用，形成Cd（OH）2、Cd3（PO4）2、CdS、CdCO3等沉淀，使重金屬固定。孫靜等通過掃描電鏡觀察Cd脅迫下的地衣芽孢桿菌發現，地衣芽孢桿菌細胞壁存在大量含Cd2+的顆粒。劉紅娟等發現，在Cd濃度為150mg/L的條件下，蠟狀芽孢桿菌的細胞壁和菌體表面有大量Cd沉淀物存在，無Cd條件下則沒有。芽孢桿菌在含高濃度Cd的液體培養基中培養時能在細胞表面形成沉淀或吸附Cd沉淀，從而富集重金屬Cd。

微生物在一定條件下能分泌高分子聚合物（如蛋白質、多糖、核酸等），這些生物大分子即xj胞外聚合物（EPS），對重金屬有很強的吸附能力。Fang 等認為xj結合態EPS官能團類型與枯草芽孢桿菌表面活性基團類型一致，EPS存在能明顯提高菌體表面活性基團濃度。枯草芽孢桿菌EPS能通過絡合、離子交換、沉淀等方式提高枯草芽孢桿菌對重金屬離子的吸附作用，去除EPS后的枯草芽孢桿菌對Cd2+的吸附量下降51.4%。EPS的存在還能增強xj的粘附強度，促使xj快速吸附于土壤礦物顆粒上。Huang等研究表明，將xj接種到土壤中，土壤膠體表面積增加3.0%～8.8%，表面所帶負電荷增加，促進對Cd的吸附。

其實水體本身所含的微生物有一個本底值，這些微生物是肉眼看不見的，而且90%多的也是無法人為培養的，能培養的好氧菌基本是106-108CFU/L，我們簡單的乘以10倍表示水體總菌數，結果是107-109CFU/L。我們人為加入的芽孢桿菌僅為106CFU/L的水平，相對于水體微生物的本底值，其實水體本身好氧菌的耗氧量才是大頭。