菌衡量標準為“有效活菌數（CFU）”，單位為“億/g或億/ml”，數量不能表全部，不但要看菌數量，還要看有效活菌的數量，使用后起作用的只有活菌，有益活菌數量越大效果會表現越好。影響產品使用效果的因素除了菌的種類及數量外，菌的純度至關重要，當產品中霉菌雜菌數及雜菌率超標時也會影響應用，在國家標準中，對此均有詳細的標定。對農用微生物菌劑產品的技術指標見表1，有機物料腐熟劑產品的技術指標按表2。

技術上創新：1.菌種創新：優良菌種的“四性”：優良菌種（菌株）應具備好的功能性、生產性、生態適應性、安全性；復合菌株的協同性：各菌株功能互補、生長協同、環境互助；菌株活性保持技術：防止菌株退化，采用回歸應用環境、添加植物或土壤浸提物等措施進行復壯；2.工藝創新：優化工藝，降低成本、{gx}生產；3.產品創新：質量穩定、效果穩定；4.施用技術創新：與農技、農藝結合，技術集成，便于施用。

從微生物肥料質檢中心查詢到，截止2016年7月，登記微生物肥料產品2780個，其中正式證1488個，臨時1292個，微生物菌劑正式登記產品500多個，臨時登記也有470多個產品。而近15年微生物肥料行業的發展數據也反映了微生物產品正逐漸成為市場產品。微生物肥料：含有特定微生物活體的制品，應用于農業生產，通過其中所含微生物的生命活動，增加植物養分的供應量或促進植物生長，提高產量，改善農產品品質及農業生態環境。