芽孢桿菌通過競爭性利用水體營養物質，主要是C、N、P的競爭，降低水體中P含量，抑制藻類生長；同時藻體及其分泌物作為碳源被芽孢桿菌利用，能使芽孢桿菌在競爭中處于優勢種群，群體優勢的建立進一步抑制藻類生長和生存空間，最終達到控制藻類數量的效果。水體N/P 比值的升高，有利于芽孢桿菌的生長；而當氮濃度一定時，C/N比值越高，芽孢桿菌生長越好。而銅綠微囊藻作為一種自養的光合植物，其生長僅與氮磷濃度有關。

常用于土壤重金屬修復的菌株有菌根菌、jc胞菌、光合xj、芽孢桿菌、酵母菌等，其中芽孢桿菌（Bacillus）因具有較高的環境兼容性，且對重金屬Cd具有較好的吸附效果，在土壤重金屬Cd污染修復上具有較大的研究價值。本文就其應用及作用機制進行總結，以期為芽孢桿菌用于重金屬污染修復提供理論依據。大多數芽孢桿菌屬為革蘭氏陽性菌，在缺乏營養或不良環境時能產生芽孢。常見用于土壤修復劑的芽孢桿菌有枯草芽孢桿菌（Bacillus. subtilis）、巨大芽孢桿菌（Bacillus megaterium）、膠質芽孢桿菌（Bacillus mucilaginosus）、蠟狀芽孢桿菌（Bacilluscereus）、短小芽孢桿菌（Bacillus pumilus）、地衣芽孢桿菌（Baclicus lincheniformis）等。許多研究發現芽孢桿菌對重金屬離子吸附效果明顯。表2是幾種芽孢桿菌對重金屬Cd2+的吸附水平，從表2可以看出，芽孢桿菌對水相中重金屬Cd的吸附率比較高，可將其應用到重金屬廢水、重金屬污染土壤的修復中。

由于芽孢桿菌是水產養殖中常用的益生菌，因此對于其在治理藍藻水華方面的研究將有巨大的潛力。推測芽孢桿菌對藻細胞的作用類似水產xd環境毒理效應，從云南滇池分離出的蠟樣芽胞桿菌感染水華束絲藻后其葉綠素a含量、藻藍蛋白含量顯著減少，光合活性也明顯降低。關于芽孢桿菌抑藻方式，目前發現主要是通過直接接觸藻細胞、分泌胞外活性物質、以及與藻類競爭資源達到抑藻效果。