保護部對進出口環保用微生物菌劑環境安全實施監督管理。省、自治區、直轄市環境保護行政主管部門依照本辦法對轄區內進出口環保用微生物菌劑環境安全實施監督管理。國家質量監督檢驗檢疫總局統一管理全國進出口環保用微生物菌劑的衛生檢疫監督管理工作；國家質量監督檢驗檢疫總局設在各地的出入境檢驗檢疫機構對轄區內進出口環保用微生物菌劑實施衛生檢疫監督管理。

國家對進出口環保用微生物菌劑的環境安全管理，實行檢測和環境安全評價制度。環保用微生物菌劑進出口經營者，應當是依法成立的從事生產或者使用微生物菌劑的企業事業法人，并具備微生物菌劑安全生產、使用、儲藏、運輸和應急處置的能力。進口環保用微生物菌劑，應當按照本辦法的規定申請獲得《微生物菌劑樣品環境安全證明》，并憑該樣品環境安全證明依法辦理衛生檢疫審批和現場查驗。

就當下我國農業生產現狀，微生物菌劑一類的微生物產品是有很大的市場的，毋庸置疑。然而目前市場上微生物菌劑板塊尚缺乏龍頭領導企業，也沒有標桿性產品。市場發展緩慢，很多時候，微生物菌劑要不然是小企業在做，要不然就是大企業下的一個很小的產品分支，很少有大企業專注做微生物菌劑類的微生物產品。是利益導向么？微生物菌劑有很大的市場空間，利益更不用說。所以關注中國農業發展態勢，尤其是農化產品使用的企業都知道，未來微生物菌劑產品市場必定會成為新的競技場。