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生物法凈化廢氣的機理是將廢氣中的有機組分作為微生物生命活動的能源或其他養分,經代謝降解轉化為簡單的無機物(CO2、H2O等)及細胞組成物質。由于氣、液相、固相(生物膜)之間的有機物濃度梯度和水溶性的作用,廢氣中的污染物首先要經過氣、液相間的傳質過程,然后經過液相與生物膜間的傳質過程,{zh1}在生物膜中被微生物降解,產生的代謝產物一部分溶于液相,一部分作為細胞物質或細胞代謝能源,還有一部分(如CO2)則從液相轉移到氣相,廢氣中的污染物通過上述過程不斷減少,從而被凈化。