將污水施于土地上, 利用土壤 - 微生物 - 植物組成的生態系統對廢水中的污染物進行一系列物理的、化學的和生物凈化過程, 使廢水的水質得到凈化, 并通過系統的營養物質和水分的循環利用,使綠色植物生長繁殖, 從而實現廢水的資源化、無害化和穩定化。

人工濕地可通過沉淀、吸附、阻隔、微生物同化分解、硝化、反硝化以及植物吸收等途徑去除廢水中的懸浮物、有機物、氮、磷和重金屬等。近年來, 人工濕地的研究越來越受到重視, 葉勇等利用紅樹植物木欖和秋茄處理牲畜廢水營養鹽 N 、P , 結果表明兩種植物對N 、P 的去除效果較好。廖新俤 , 駱世明分別以香根草和風車草為植被 , 建立人工濕地 , 隨季節不同 , 對污染物的去除率不同 , COD Cr 去除率可達 90% 以上 , BOD 5可達 80% 以上。由于自然處理法投資少, 運行費用低, 在有足夠土地可利用的條件下, 它是一種較為經濟的處理方法 , 特別適宜于小型畜禽養殖場的廢水處理。

      生活污水中污染物以有機物為主。工程實踐證明，對于這類污染物，綜合成本低、應用范圍最廣、且最為成熟可靠、可穩定達標的處理工藝，只能是以活性污泥法或生物膜法為核心的污水生物處理工藝。生活污水生物處理技術的主要工藝原理是人工調控污水凈化系統中的生物保有量和能量的輸入量(曝氣充氧)，既師法自然而又超越自然，屬環境自凈過程的加強版，其凈化深度與能量的輸入直接相關。

  與污水處理深度度相對應的，是排放標準。農村污水廠(站)的污染物排放標準，通常由當地環保主管部門根據國家法律法規、受納水體重要性、環境容量、污水資源化利用等因素提出排放要求。由于缺乏國家標準，實踐中最常用的做法是參照《城鎮污水處理廠污染物排放標準》(GB18918)，其中的污染物基本控制項目主要是化學需氧量(COD)、生化需氧量(BOD5)、氨氮(NH3-N)、總氮(TN)、總磷(TP)和懸浮物(SS)。實現去除這些污染物的技術途徑可分為生化和物化兩個階段，由具有特定功能(降解有碳、除磷脫氮、去除懸浮物等)的處理單元組合形成繁簡程度不同的處理流程，以實現特定的技術目標。而這一特定的技術目標(排放標準)，正是決定農村污水處理工程實施難易程度的關鍵所在。

畜禽養殖廢水的處理方法還有很多, 某一種處理方法能否被接受, 不僅要考慮這種處理方法在技術上的優勢, 還要考慮該方法的投資、日常運行費用和操作是否方便等問題。為了做好畜禽養殖業污染防治工作 , 實現廢水回收再利用, 減少廢水的排放和化學物質對環境的輸入, 使污染減輕到限度, 不僅要實現處理過程的無害化, 而且要實現處理過程的資源化, 有效地保護和改善農村生態環境 , 促進畜禽養殖環境與經濟的。