該肥料含有大量活的微生物的特殊肥料。該肥料施入土壤中，大量活的微生物在適宜條件下能夠積極活動：有的可在作物根的周圍大量繁殖，發揮自生固氮或聯合固氮作用；有的還可分解磷、鉀礦質元素供給作物吸收或分泌生長js刺激作物生長。由此可見，生物肥料不是直接供給作物需要的營養物質，而是通過大量活的微生物在土壤中的積極活動來提供作物需要的營養物質或產生js來刺激作物生長，這與其它有機肥和化肥的作用在本質上是不同的。
主要作用，如各種固氮菌肥料，可以增加土壤中的氮素來源，解磷解鉀菌肥料可以將土壤中難溶性的磷、鉀溶解出來，增加土壤中磷(P)、鉀(K)元素的來源。另外，生物肥料還能促進作物的生長，改善農產品的品質。各種生物肥施入土壤中，都能產生不同的生長js，刺激作物的生長，如“5406”放線菌生物肥，不但有拮抗病原菌防病壯菌的作用，還能分泌細胞分裂素促進作物的生長。zj類的生物肥不僅在協助作物吸收磷、鋅及銅等礦質元素方面有很強的作用，還有增強作物的吸水、保水以提高作物抗旱能力的作用。由于生物肥料能制造和協助作物吸收利用多種營養元素，因此對農產品的品質有很大的改善，可以改變因施化肥產生的“瓜不香，果不甜，茶無味”的現狀，使農產品各項指標達到綠色食品的標準。
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