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我國國內在生物降解塑料瓶加工和研究方面的力量還是很薄弱，大部分生物降解塑料企業將重點關注的是在材料合成上的問題，忽略了制品加工開發，一些生物降解塑料制成的餐飲用具在耐熱、耐水及機械強度方面與傳統塑料制品相差較遠。
生物降解塑料產業在發展過程中正在面臨著五大難題。
1、評價體系尚不完善。生物降解塑料是新興產業，許多材料及制品開發出來后，生物降解塑料產品如果沒有自己的產品標準，就會給貿易帶來很多麻煩和糾紛。雖然我國早期就由全國塑料制品標準化技術委員會專門成立了生物質和生物降解塑料工作組，2008年國家標準委又成立了全國生物基材料及生物降解塑料相關標準制定機構，但由于經費支持不夠，相關工作進展非常緩慢。
2、生物降解塑料產業還缺乏有力的政策及法律法規的支撐。在國外，政府通過設立專項發展基金、稅收優惠等政策支持生物降解塑料產業的發展，目前中國在這方面的支持力度正在逐漸加強，宏觀政策支持也在加大，但還是缺少細則，不利于生產型生物降解塑料企業的發展。
3、生產成本的問題。生物降解塑料產品的價格目前很難與石油基產品競爭，這就需要通過技術進步不斷降低生物降解塑料生產的成本和產品價格。
4、生物降解塑料企業缺乏資金及融資難問題。我國生物降解塑料企業規模還小，而生物降解塑料企業回報周期又超出了預期設計，這就產生了生物降解塑料企業資金不足和融資難問題。
5、技術不夠成熟，生物降解塑料制品的性能無法wq滿足各種消費需求。盡管市場上的生物降解塑料品種繁多，但是每一種生物降解塑料的材料本身的機械和加工性能只在單一方面有突出，而綜合性能還存在很多缺陷。
此外，從應用領域考慮，對不能回收利用的醫用塑料制品、塑料垃圾袋、堆肥袋、塑料農藥瓶、化妝品瓶等一次性塑料制品，可以采取食用淀粉或無機礦物質填充的方法，開發高質量、價格低廉的生物降解塑料制品。