生物有機肥并不是與所有化肥都能任意混合,有些化肥與生物有機肥混合后肥效反而降低。硝酸銨等含硝態氮的化肥在生物有機肥發酵過程中,由于反硝化作用,易引起氮素損失。生物有機肥成品經過發酵,其中的氮都已轉化成銨態氮,不能與碳酸氫銨等堿性肥料和硝酸鈉等生理堿性肥料混合,否則會使氨揮發損失,影響生物有機肥和化肥的使用效果,導致作物因養分供應不足而減產。