中國是一個農業大國，但不是一個農業強國，這是當中國的基本國情，中國農業的發展已影響著整個國民經濟的發展；中國農村的安定牽涉著整個社會的安定；中國農民的富裕關系到面建設小康社會的進程。中國歷領導人都極其重視“三農”問題。發展生物肥料可以減少環境污染。施肥所導致的環境污染問題已越來越受到人們的廣泛關注。在中國主要湖泊的富營養化中，來自農業污染的影響甚至超過了工業污染。
生物肥料不能直接提供作物吸收的營養物質(bao括氮、磷、鉀和多種礦質元素)，而是通過大量活的微生物在土壤中的積極活動來制造和協助作物吸收營養物質或產生生長素來刺激作物的生長，這與化肥作用方式在本質上是不同的。并且生物肥所能提供的肥效不能滿足作物生長對營養物質的需求。因此，那種認為生物肥料可以替化肥的看法是一種誤解，有的把生物肥料神秘化，冠以“高新技術”產品，無限夸大其作用也是錯誤的，在農業生產中生物肥料的使用與化肥的使用應當相輔相成。
首先，在菌種使用方面，微生物接種劑使用的菌種主要是圓褐固氮菌、巨大芽孢桿菌及根際促生菌芽孢桿菌和假孢菌。但這類菌種基本上沒有發酵的功能。其次，在生產工藝上有所不同。生物有機肥料還沒有國家、行業或地方標準，農業生物肥料質量監督檢驗測試中心正組織有關專家進行生物有機肥料標準的制定工作。企業要生產，應先制定企業標準作為產品生產和質量檢驗的依據。建議企業在制定標準時，把活菌數定為≥0.2億個/克，有機質≥35%。