長(zhǎng)期單純施用單質(zhì)化肥，使土壤微生物被抑制，有機(jī)質(zhì)含量逐年下降，化肥殘留，造成土壤板結(jié)，透水性、透氣性和吸光性變差，保肥能力降低。

單質(zhì)化肥利用率低和易造成土壤板結(jié)的缺點(diǎn)，淋溶、揮發(fā)、徑流和農(nóng)產(chǎn)品中有害物質(zhì)的殘留，不僅給人類(lèi)生存環(huán)境帶來(lái)污染，而且直接危害人體健康。

單純施用化肥，其增產(chǎn)效果已近極限，致使農(nóng)業(yè)投入不斷增加，加重了農(nóng)民負(fù)擔(dān)。

秸稈腐熟劑和畜禽糞便、有機(jī)垃圾發(fā)酵劑隨著經(jīng)濟(jì)的發(fā)展，農(nóng)畜業(yè)集約化經(jīng)營(yíng)和農(nóng)業(yè)ltqy的發(fā)展，農(nóng)畜業(yè)廢棄物和生活垃圾污染環(huán)境的現(xiàn)象日益嚴(yán)重，如何處理這些有機(jī)廢物一直是令環(huán)保部門(mén)頭疼，被農(nóng)業(yè)關(guān)注的問(wèn)題。一些發(fā)達(dá)國(guó)家開(kāi)始采用微生物發(fā)酵方法處理固體有機(jī)廢棄物。中國(guó)也有一些單位開(kāi)始對(duì)固體有機(jī)廢物進(jìn)行試驗(yàn)和應(yīng)用。
許多固氮微生物，尤其是共生固氮的根瘤菌，均有固氮酶，它們?cè)诔爻合录纯蓪⒌D(zhuǎn)化為氨，根瘤中固定的氮可以全部為植物吸收利用，所以其利用率比化學(xué)氮肥高得多。這些優(yōu)質(zhì)氮素化合物可以供給豆科植物一生中的主要氮素需要。如果根瘤菌肥料中使用的是經(jīng)過(guò)選育優(yōu)良菌種，加之制品中的數(shù)量?jī)?yōu)勢(shì)，在與土著（野生）群體根瘤菌競(jìng)爭(zhēng)當(dāng)中占據(jù)有利位置，不僅可以取得增產(chǎn)增收的效果，而且可以節(jié)約大量的氮素化肥。減少環(huán)境污染和節(jié)約生產(chǎn)成本。