一是選用生產肥料的原材料價格過高，銷售的中間環節過多，層層加價；二是單一施用生物有機復合肥，忽視了其它肥料的作用，或是施用量過低；三是施肥時土壤墑情不足，或者是當時氣溫太低；四是一次施用量過大。對此，為了充分發揮生物有機復合肥料的肥效，應該采用增產節支、正確引導、科學使用的方法加速推廣運用。首先，要降低生產成本。一是就地采用有機原料，不要遠距離調運，增加成本；二是減少銷售中間環節，生產與銷售近距離對接；三是搞好售后fu務，組織科技下鄉，使肥料快速發揮肥效。
其次，要足墑適溫施用。無論在何種土壤上施用，都要有充足的墑情促其迅速分解轉化。氣溫在10℃—30℃的范圍內肥效較好，當氣溫低于10℃或高于35℃時，肥料轉化、吸收就會產生障礙。第三，要配套正確施用。一是為了使肥料體現長效與效的持續效應，凡是施用生物有機復合肥的大田，每畝要配施碳銨30公斤左右，然后再根據不同作物需要配施其它營養元素，不能用生物有機復合肥取其它肥料。二是作基肥施用，每畝用量不超過50公斤。特別是塑料大棚種菜的更不能超量施用。三是土壤墑情不足時，施用后要及時抗旱調墑。
還有些廠家在生物肥料中加入不適量的化肥或其它添加劑，使肥料中化肥的氮、磷、鉀含量過高導致有效菌死亡，而失去生物肥的作用。因此在選用生物肥料時要注意產品質量，防止假冒偽劣產品，以避免給農業生產帶來不應有的損失。 正確、合理的使用方法是發揮生物肥料作用的重要保證，要根據不同作物和當地的土壤條件等具體情況來選用不同的生物肥料。生物肥料常用于拌種、作基肥和追肥等，在使用方式上，生物肥可作葉面噴施，沾根等。總之，生物肥是發展起來的一類特殊肥料，農民朋友在應用中要不斷總結經驗，注意方法，使生物肥料在農業生產中起到應有的作用。