1、生物有機肥料 農業和畜牧業的廢棄物或有機垃圾經有益微生物發酵、加工而成的有機肥料稱為生物有機肥料。生物有機肥料含大量有機質和大量活的有益微生物及微生物謝產物，兼有微生物接種劑和有機肥料的作用。由于企業的生產技術、菌種來源各不相同，存在的問題也相應較多。生物有機肥料與其它生物肥料（如微生物接種劑、復合微生物肥料等）在使用的菌種、生產工藝等方面各有不同。
2、生物肥料種類很多，但多數還是傳統的固氮、解磷、解鉀菌，有的甚至還在用酵母菌，缺乏新型{gx}產品。菌株目標效能不穩定，配方不盡合理、抗逆性差。生物肥料本身的基礎研究和應用研究還不夠，科研人員相對不足。有些作用機理還不清楚，對土壤和作物的影響還有待于繼續研究。基礎研究嚴重滯后于生產實際，生物肥料的推廣未能遵從試驗、示范、推廣的程序。
刺激效應 微生物肥料的使用，促進了刺即植物生長類的產生，調節、促進作物的生長發育。硅酸鹽菌劑可以促進赤霉素、生長素和其他活性物質的產生；固氮菌劑分泌維生素B1、維生素B2、維生素B12和已酸生長素等，這些生對于作物的生長發育有一定的調節和促進作用。是通過微生物生命活動，使農作物得到特定的肥料效應的制品，也被稱之為接種劑或菌肥，它本身不含營養元素，不能替化肥。廣義地生物肥料是既含有作物所需的營養元素，又含有微生物的制品，是生物、有機、無機的結合體它可以替化肥，提供農作物生長發育所需的各類營養元素。