刺激效應 微生物肥料的使用，促進了刺即植物生長類的產生，調節、促進作物的生長發育。硅酸鹽菌劑可以促進赤霉素、生長素和其他活性物質的產生；固氮菌劑分泌維生素B1、維生素B2、維生素B12和已酸生長素等，這些生對于作物的生長發育有一定的調節和促進作用。是通過微生物生命活動，使農作物得到特定的肥料效應的制品，也被稱之為接種劑或菌肥，它本身不含營養元素，不能替化肥。廣義地生物肥料是既含有作物所需的營養元素，又含有微生物的制品，是生物、有機、無機的結合體它可以替化肥，提供農作物生長發育所需的各類營養元素。
微生物肥料施入土壤后，放線菌的次生謝產物，如抗生類物質、氰物等可以抑制土著病原菌對植物根部的侵染。某些jc孢菌產生的次生謝產物如鐵載體、jc孢菌素或是抑制了有害微生物的種群數量或是可以誘導植物產生抗性，激防衛機制，減少或降低病害的發生。坑害農民，鼓勵人們舉報偽劣假冒產品，讓農民群眾來監督，對生物肥料的發展是至關重要的。適當改變現有的化肥流通體系，加快生物肥料的流通速度，使其在活性高的狀態下銷售到農民手中，以取得佳的施用效果。

據了解，長期以來，我國化肥用量一直是世界平均用量的3.75倍，是發達國家的8.85倍。而利用率卻僅為30%，遠遠低于世界水平。美洲的化肥利用效率可達52%，歐洲的化肥利用效率可達68%。如果按照每年流失量1100萬噸計算，直接損失就達300億元之多。

由于化肥利用率的低下，目前我國的土壤質量正逐年下降