微生物肥料在解決這方面問題上有獨到的作用。所以，根據我國作物種類和土壤條件，采用微生物肥與化肥配合施用，既能保證增產，又減少化肥使用量，降低成本，同時還能改善土壤及作物品質，減少污染。

改良土壤作用。微生物肥料中有益微生物能產生糖類物質，與植物粘液，礦物膠體和有機膠體結合在一起，可以改善土壤團粒結構，增強土壤的物理性能和減少土壤顆粒的損失，在一定的條件下，還能參與腐殖質形成。所以施用微生物肥料能改善土壤物理性狀，有利于提高土壤肥力。

據了解，長期以來，我國化肥用量一直是世界平均用量的3.75倍，是發達國家的8.85倍。而利用率卻僅為30%，遠遠低于世界水平。美洲的化肥利用效率可達52%，歐洲的化肥利用效率可達68%。如果按照每年流失量1100萬噸計算，直接損失就達300億元之多。

由于化肥利用率的低下，目前我國的土壤質量正逐年下降