化肥和農藥的大量應用對于人類而言利弊并存，為興利除弊，科學家提出了“生態農業”，逐步實現在農田里少使用或不使用化肥和化學殺蟲劑，而使用有機生物肥料和采用微生物方法防病蟲害。生物肥料在中國生產，經歷了幾起幾落的發展過程，但從總體速度來看是較慢的。20世紀50年大力推廣應用大豆、綠肥根際固氮菌。當時全國各地差不多每個縣都有菌肥廠。
施肥量日益增長，土壤結構中有機質比重下降，保水、供肥、通透能力和性能變差，板結嚴重，造成水土流失，生態失調。我國耕地墾殖年久遠，加上長期只重用地不顧養地，造成耕地養分失調，地力下降，雖然耕地產出量大幅度提高，但負荷過重，耕地養分投入與產出嚴重失衡。目前，除少數地區外，全國絕大多數耕地土壤肥力不高，土壤有機質平均為1.8％左右，旱地僅為1％左右，而歐美等國的耕地土壤有機質一般在5％—8％。而且我國很少種植有養地作用的多年生牧草，近年來綠肥的面積也下降很多，加之，有機肥（如：牛、馬、豬、雞等糞便發酵）的施用量也逐年遞減。
菌種退化也是企業在生產中經常遇到的難題，一方面是菌種供應方的問題，它希望企業長期購買它的菌種，因此在技術上進行了處理，另一方面是企業購買原種后進行了多次的轉接傳，但又沒有提純復壯的技術。解決的方法是提純復壯和更換菌種。發酵設備不完善，也是微生物接種劑不合格的主要原因，微生物在無雜菌條件下發酵是接種劑生產的必備條件。