還有些廠家在生物肥料中加入不適量的化肥或其它添加劑，使肥料中化肥的氮、磷、鉀含量過高導致有效菌死亡，而失去生物肥的作用。因此在選用生物肥料時要注意產品質量，防止假冒偽劣產品，以避免給農業生產帶來不應有的損失。 正確、合理的使用方法是發揮生物肥料作用的重要保證，要根據不同作物和當地的土壤條件等具體情況來選用不同的生物肥料。生物肥料常用于拌種、作基肥和追肥等，在使用方式上，生物肥可作葉面噴施，沾根等。總之，生物肥是發展起來的一類特殊肥料，農民朋友在應用中要不斷總結經驗，注意方法，使生物肥料在農業生產中起到應有的作用。
四是能促進農作物增產，一般施用生物有機復合肥的比單一施用化肥的增產10%左右；五是能減輕農業環境的污染，可大量生產無公害的食品。雖然生物有肥料有很多顯著的優勢，但在市場占有的份額還比較有限，各地運用情況也存在很大的差異。主要原因，有的地方反映銷售價格偏高，農民難以承受；有的反映肥效啟動較慢，作物顯性效應較弱；有些采用塑料大棚種菜的農戶反映有燒苗的現象。
許多固氮微生物，尤其是共生固氮的根瘤菌，均有固氮酶，它們在常溫常壓下即可將氮轉化為氨，根瘤中固定的氮可以全部為植物吸收利用，所以其利用率比化學氮肥高得多。這些優質氮素化合物可以供給豆科植物一生中的主要氮素需要。如果根瘤菌肥料中使用的是經過選育優良菌種，加之制品中的數量優勢，在與土著（野生）群體根瘤菌競爭當中占據有利位置，不僅可以取得增產增收的效果，而且可以節約大量的氮素化肥。減少環境污染和節約生產成本。