菌種退化也是企業在生產中經常遇到的難題，一方面是菌種供應方的問題，它希望企業長期購買它的菌種，因此在技術上進行了處理，另一方面是企業購買原種后進行了多次的轉接傳，但又沒有提純復壯的技術。解決的方法是提純復壯和更換菌種。發酵設備不完善，也是微生物接種劑不合格的主要原因，微生物在無雜菌條件下發酵是接種劑生產的必備條件。
生物肥料能提高土壤肥力，這是它的主要作用，如各種固氮菌肥料，可以增加土壤中的氮素來源，解磷解鉀菌肥料可以將土壤中難溶性的磷、鉀溶解出來，增加土壤中磷(P)、鉀(K)元素的來源。另外，生物肥料還能促進作物的生長，改善農產品的品質。各種生物肥施入土壤中，都能產生不同的生長，激作物的生長，如“5406”放線菌生物肥，不但有拮抗病原菌防病壯菌的作用，還能分泌細胞分裂素促進作物的生長。
抗病抑蟲效應 主要表現在3個方面：有些微生物肥料的菌種接種作物后，由于在作物根部大量生長繁殖形成優勢種群，除了自身的作用外，還能抑制或減少病原微生物的繁殖機會，有的本身就有拮抗病原微生物的作用。建立良好的市場管理秩序，政管理部門必須加大登記管理和打擊假冒偽劣產品的力度，創造良好的社會環境。要加強對生物肥料的質量監督，保證其生產質量，提高市場監督員的專業知識水平，阻止偽劣假冒生物肥料流入市場。