菌種退化也是企業(yè)在生產(chǎn)中經(jīng)常遇到的難題，一方面是菌種供應(yīng)方的問題，它希望企業(yè)長期購買它的菌種，因此在技術(shù)上進(jìn)行了處理，另一方面是企業(yè)購買原種后進(jìn)行了多次的轉(zhuǎn)接傳，但又沒有提純復(fù)壯的技術(shù)。解決的方法是提純復(fù)壯和更換菌種。發(fā)酵設(shè)備不完善，也是微生物接種劑不合格的主要原因，微生物在無雜菌條件下發(fā)酵是接種劑生產(chǎn)的必備條件。
生物肥料能提高土壤肥力，這是它的主要作用，如各種固氮菌肥料，可以增加土壤中的氮素來源，解磷解鉀菌肥料可以將土壤中難溶性的磷、鉀溶解出來，增加土壤中磷(P)、鉀(K)元素的來源。另外，生物肥料還能促進(jìn)作物的生長，改善農(nóng)產(chǎn)品的品質(zhì)。各種生物肥施入土壤中，都能產(chǎn)生不同的生長，激作物的生長，如“5406”放線菌生物肥，不但有拮抗病原菌防病壯菌的作用，還能分泌細(xì)胞分裂素促進(jìn)作物的生長。
抗病抑蟲效應(yīng) 主要表現(xiàn)在3個方面：有些微生物肥料的菌種接種作物后，由于在作物根部大量生長繁殖形成優(yōu)勢種群，除了自身的作用外，還能抑制或減少病原微生物的繁殖機(jī)會，有的本身就有拮抗病原微生物的作用。建立良好的市場管理秩序，政管理部門必須加大登記管理和打擊假冒偽劣產(chǎn)品的力度，創(chuàng)造良好的社會環(huán)境。要加強(qiáng)對生物肥料的質(zhì)量監(jiān)督，保證其生產(chǎn)質(zhì)量，提高市場監(jiān)督員的專業(yè)知識水平，阻止偽劣假冒生物肥料流入市場。