耕地質量的退化，土壤有機質含量的下降，導致了土壤保水保肥能力的降低，風侵、水侵加劇，形成惡性循環。肥料、水分流失嚴重，水、肥利用率下降。當前，我國化肥的有效利用率遠遠低于發達國家水平。國內化肥，氮、磷、鉀的投入比例為1：0.41：0.27，與合理施肥水平還有一定差距，尤其是鉀肥的投入比例較小，也是影響肥料利用率不高的重要因素。
十二五期間我國農業發展的重要方向--標準化、生態化，《國家中長期科學與技術發展規劃綱要(2006-2020年)》、《“十二五”農業與農村科技發展規劃》指出:“十二五”期間，將創新農業生態建設與保護、退化生態環境修復與農業防災減災的理論與方法，提升農業生態安全科技原始創新能力。建立與不同區域農業生態建設需求相適應的技術模式，推動農業可持續發展。
微生物肥料施入土壤后，放線菌的次生謝產物，如抗生類物質、氰物等可以抑制土著病原菌對植物根部的侵染。某些jc孢菌產生的次生謝產物如鐵載體、jc孢菌素或是抑制了有害微生物的種群數量或是可以誘導植物產生抗性，激防衛機制，減少或降低病害的發生。坑害農民，鼓勵人們舉報偽劣假冒產品，讓農民群眾來監督，對生物肥料的發展是至關重要的。適當改變現有的化肥流通體系，加快生物肥料的流通速度，使其在活性高的狀態下銷售到農民手中，以取得佳的施用效果。