生物肥與化學農藥的本質區別是，后者往往重在“治標”，出了問題才被動采取對策，而生物肥則是“標本兼治”，著重從根本上改善土壤生態環境，調整土壤微生物的種群結構，營造一個不利于發病而利于作物生長的土壤生態環境，寓治于防，達到“以正壓邪”的目的其施用量一般不大，在其生產過程中所消耗的能量也很少，且施用生物肥料的同時還可減少化肥的施用量，因而節約了施肥成本。所以，生物肥料必須是在施足有機肥和適量化肥的基礎上才能發揮出其增產效果，或者說生物肥料只能是作為輔助肥料，而不能替化肥和有機肥。
還有些廠家在生物肥料中加入不適量的化肥或其它添加劑，使肥料中化肥的氮、磷、鉀含量過高導致有效菌死亡，而失去生物肥的作用。因此在選用生物肥料時要注意產品質量，防止假冒偽劣產品，以避免給農業生產帶來不應有的損失。 正確、合理的使用方法是發揮生物肥料作用的重要保證，要根據不同作物和當地的土壤條件等具體情況來選用不同的生物肥料。生物肥料常用于拌種、作基肥和追肥等，在使用方式上，生物肥可作葉面噴施，沾根等。總之，生物肥是發展起來的一類特殊肥料，農民朋友在應用中要不斷總結經驗，注意方法，使生物肥料在農業生產中起到應有的作用。

有機肥是全營養性肥料，有利于平衡增加土壤養分含量，改善土壤結構及透氣保水性，改善土壤微生態系統，增加土壤有益微生物。因此，將現有的有機物資源充分利用起來，用科學的方法轉化成優質有機肥，是解決資源浪費、環境污染及改良土壤的關鍵環節。

根據對世界以及中國農業形勢的分析，我國未來的農業只能依靠科技，保障食物安全、生態安全與農民增收，走現集約化的可持續農業之路。